Evliyânın meşhûrlarından Akşemseddîn hazretlerinin oğlu Fadlullah Efendinin hizmet ve sohbetlerinde yetişip kemâle gelen Şeyh Muhammed Efendi, zâhirî ve bâtınî ilimlerde derin âlim ve velî bir zât oldu. İlim tahsîlini tamamlayıp kemâle geldi. Tasavvufta yüksek derece ve olgunluklara kavuşup, kendisini ibâdet ve tâata verdi. Üstünlük İslamiyete uymaktadır
Diğer büyük velîler gibi, bu mübarek zat da, insanlara bulundukları dünyâlık mevkiler ve sâhib oldukları servetlere göre kıymet verilmesini hoş karşılamaz ve böyle yapılmasından nefret ederdi. Yanına gelenler arasında, zengin-fakir şeklinde bir ayırım yapmaz, kıymet ve üstünlüğün İslâmiyete uymak nisbetinde olduğunu bildirirdi. 
İstidâd sâhibi birisi kendisine gelse, ona mutlaka alâka gösterir, ilim ve edeb öğrenmesinde ona faydalı olurdu. Talebeler sohbetleri bereketi ile öyle yüksek derecelere kavuşurlardı ki, başkaları uzun seneler mücâhede edip uğraşmakla o dereceleri elde edemezlerdi.
Ekseri gecelerde meclisinde bulunanlar ile birlikte, başka bir şey düşünmeyip, yalnız Allahü teâlâyı zikretmekle meşgûl olurlardı. Onların bu hâlini görenler, bulundukları yerden nûr yayıldığını ve bu nûrun gökyüzüne doğru yükseldiğini görürlerdi. Nice insanlar, Muhammed Efendiye bir müddet hizmet etmekle, yüksek derece ve makamlara kavuşmuşlardı.

“Vefat ettiğimi anlarsınız!”
Bir gün, Muhammed Efendi talebelerine şöyle tembihte bulundu:
“Yakın zamanda bana bir hâl olur ve hareketsiz kalırım. O hâlim ile karşılaştığınızda, üç gün beklersiniz, üç günden sonra vücûdumda bir kabarma ve şişme görürseniz, o zaman vefât etmiş olduğumu anlar, beni defnedersiniz.”
Şeyh Muhammed Efendinin bu sözü söylediği sırada, orada bulunan ve talebelerinden olan bir zât şöyle anlattı: 
“Ârif-i billâh olan mübarek hocamda, yukarıdaki sözü söyledikten bir zaman sonra, bildirdiği gibi bir hâl oldu. Hakîkaten hiçbir hayat belirtisi görülmeden, üç gün o hâlde durdu. Üç gün geçtikten sonra, vücûdunda şişme eserleri görülmeye başlayınca, vefât ettiğini anladık. Yıkayıp kefenledikten sonra defnettik.”